南宁综合保税区（以下简称“南宁综保区”）2015年9月30日获国务院批复设立，一期开发建设面积0.897平方公里，2017年4月13日正式封关运营。2024年4月26日，国务院批复同意南宁综保区调整规划范围，调整后规划面积2.15平方公里，二期规划调整至南宁国际铁路港，规划面积1.254平方公里，于2025年7月获海关总署批复通过验收，即将封关运营。

南宁综保区一期位于广西自由贸易试验区南宁片区，是中国(南宁)跨境电子商务综合试验区核心区和南宁国家加工贸易产业园的重要组成部分。二期位于南宁临空经济示范区铁路港片区范围内，与南宁国际铁路港（铁港）、南宁吴圩国际机场（空港）并称“两港一区”，是自贸区南宁片区协同发展区。

南宁综保区主要业务模式有保税加工、保税物流、跨境电商、一般贸易等，重点发展电子信息、中药材、食品加工等产业。

2024年，南宁综保区外贸进出口总额103.28亿元，跨境电商进出口额约78亿元，占全市比重超50%。